Kaggle赛题解析:HuBMAP血管分割

赛题名称:HuBMAP - Hacking the Human Vasculature

从人肾组织切片中分割微血管结构

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-hacking-the-human-vasculature

赛题任务:计算机视觉、语义分割

赛题背景

身体器官和组织的正常运作取决于细胞的相互作用、空间组织和特化——全部 37 万亿个细胞。有这么多细胞,确定它们的功能和关系是一项艰巨的任务。

目前绘制细胞图的努力涉及血管系统共同坐标框架 (VCCF),它使用人体中的血管系统作为主要导航系统。如果我们可以自动分割微脉管系统的排列,研究人员就可以使用真实世界的组织数据来开始填补这些空白并绘制出脉管系统。

赛题任务

本次比赛的目标是分割微血管结构的实例,包括毛细血管、小动脉和小静脉。您将创建一个模型,该模型根据来自健康人体肾脏组织切片的 2D PAS 染色组织学图像进行训练。

赛题数据

您在本次比赛中的目标是在人体肾脏组织学载玻片中定位微血管结构(血管)。比赛数据包括从分成两个数据集的五个完整幻灯片图像 (WSI) 中提取的图块。

数据集 1 中的图块具有经过专家审查的注释。数据集 2 包含来自这些相同 WSI 的剩余图块,并包含未经专家审查的稀疏注释。

  • train|test/ 包含 TIFF 图像的文件夹。每个图块的大小为 512x512。
  • tile_meta.csv每个图像的元数据。
  • wsi_meta.csv从中提取图块的整个幻灯片图像的元数据。

评价指标

对于测试集中的每个图像,您必须预测实例分割掩码列表及其相关检测分数 ( Confidence)。该submission.csv文件使用以下格式:

id,height,width,prediction_string
72e40acccadf,512,512,0 1.0 eNoLTDAwyrM3yI/PMwcAE94DZA==

分割是使用阈值为 的 IoU 为0.6。

赛题赛程

2023 年 7 月 24 日- 报名截止日期。您必须在此日期之前接受比赛规则才能参加比赛。

2023 年 7 月 24 日- 团队合并截止日期。这是参与者可以加入或合并团队的最后一天。

2023 年 7 月 31 日- 最终提交截止日期。

赛题奖金

  • 第一名 - 20,000 美元
  • 第二名 - 10,000 美元
  • 第三名 - 10,000 美元
  • 第四名 - 5,000 美元
  • 第五名 - 5,000 美元

赛题解析

赛题是一个典型的医疗语义分割比赛,有类似的比赛可以参考:

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-organ-segmentation

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-kidney-segmentation

【竞赛报名/项目咨询请加微信:mollywei007】

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